2026년 개정 핵심: 무엇이 달라졌나

부부 공동명의 종부세 규정이 2026년 납부분(2026년 6월 1일 과세기준일 기준)부터 전면 개편됩니다. 2025년 말 국회를 통과한 세제개편안의 후속 조치로, 재정경제부는 2026년 1월 16일 시행령 개정안을 발표했습니다. 이번 개정의 핵심은 종합부동산세법 제10조의2에 적용되는 부부 공동명의 1주택 과세특례의 납세의무자 지정 방식 변경입니다.

기존에는 부부 중 지분율이 높은 배우자만 납세의무자가 될 수 있었습니다. 지분율이 같은 경우에는 한 명을 선택하는 방식이었습니다. 이 구조 때문에 납세의무자가 아닌 배우자가 상속주택을 취득하면 해당 배우자 기준으로는 2주택자가 되어 1주택 특례를 받지 못하는 억울한 상황이 발생했습니다. 개정 시행령은 이 맹점을 완전히 제거했습니다.

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기존 제도의 맹점 — 지분 적은 배우자의 억울함

부부 공동명의 1주택자가 종부세 1세대 1주택 특례를 받으려면 과세기준일(매년 6월 1일) 전에 홈택스를 통해 신고해야 했습니다. 이때 납세의무자는 반드시 지분율이 높은 배우자로 지정됩니다. 문제는 이 구조에서 납세의무자가 아닌 배우자에게 특례주택이 귀속될 때 발생합니다.

실제 피해 시나리오: 남편 지분 60%, 아내 지분 40%

이런 사례에서 부부는 불필요하게 상속주택을 처분하거나, 소송을 통해 이의제기를 하는 방법밖에 없었습니다. 세제실장 조만희는 개정 발표 자리에서 “이런 분들은 앞으로 아내를 종부세 납세의무자로 선택해서 1주택 특례를 적용받으면 된다”고 직접 설명했습니다. 즉, 납세의무자를 아내로 바꾸면 아내 입장에서 ‘상속주택 특례’ 대상이 되어 주택 수 산정에서 제외됩니다.

특례주택의 종류 — 어떤 주택이 해당되나

이번 개정에서 말하는 특례주택은 크게 두 가지입니다. 첫째는 상속주택으로, 상속일로부터 원칙상 5년간 주택 수에서 제외됩니다. 단, 지분율 40% 이하 또는 공시가격 6억 원 이하 소액 상속주택은 기간 제한 없이 제외 가능합니다. 둘째는 지방 저가주택으로, 비수도권 공시가격 3억 원 이하 주택은 추가 취득해도 주택 수에서 제외됩니다.

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개정 후 절세 시나리오 완전 분석

2026년 개정 시행령이 가져온 가장 큰 실질적 혜택은 ‘납세의무자를 전략적으로 선택할 수 있게 됐다’는 점입니다. 이는 단순한 행정적 편의가 아니라, 가구당 수백만 원에서 수천만 원의 세금 차이를 만들 수 있는 중대한 변화입니다.

고령·장기보유 세액공제 전략적 활용

납세의무자를 자유롭게 선택할 수 있게 된 만큼, 고령자 또는 장기보유자인 배우자를 납세의무자로 지정하면 세액공제를 극대화할 수 있습니다. 만 60세 이상 고령자 세액공제는 20%, 만 65세 이상은 30%, 만 70세 이상은 40%이며, 보유기간 5년 이상은 20%, 10년 이상은 40%, 15년 이상은 50%가 공제됩니다. 두 공제를 합산하면 최대 80%까지 세액 절감이 가능합니다.

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납세의무자 선택 신청 방법과 주의사항

부부 공동명의 종부세 과세특례는 자동으로 적용되지 않습니다. 반드시 매년 9월 16일~9월 30일 사이에 홈택스 또는 서면으로 신청해야 합니다. 이 기간을 단 하루라도 넘기면 해당 연도에는 특례 혜택을 받을 수 없습니다. 최초 신청 후에도 매년 신청 여부를 확인해야 하며, 납세의무자 변경이 필요한 경우에도 같은 기간 내에 신청해야 합니다.

홈택스 신청 절차 단계별 안내

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공동명의 vs 단독명의: 2026년 기준 최적 전략

부부 공동명의 종부세 개정 이후에도, 공동명의가 무조건 유리한 것은 아닙니다. 주택 공시가격, 부부 소득 구조, 보유 기간 등 여러 변수를 종합적으로 고려해야 합니다. 개인적으로 20건 이상의 사례를 검토한 결과, 공시가격 18억 이하 주택에서는 공동명의의 종부세 절감 효과가 역설적으로 줄어드는 경우가 있었습니다.

공동명의 과세특례 vs 인별 공제 — 어느 쪽이 유리한가

이 표를 보면 공시가격 18억 이하 주택에서는 인별 공제(18억)가 거의 모든 경우에 유리합니다. 반면 30억을 넘고 부부 중 한 명이 만 65세 이상이거나 15년 이상 보유자라면 과세특례를 신청해 세액공제를 받는 것이 더 유리할 수 있습니다. 결국 공동명의 종부세 절세 전략은 ‘공시가격 × 고령·보유기간’ 두 축으로 판단해야 합니다.

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인구감소지역 특례 추가 확대 — 놓치면 손해

이번 시행령 개정에서 부부 공동명의 납세의무자 변경 외에도 주목해야 할 조항이 있습니다. 바로 비수도권 지방 부동산 활성화를 위한 종부세·양도세 특례 확대입니다. 특히 인구감소지역과 함께 새롭게 추가된 ‘인구감소관심지역’에 대한 특례가 실질적인 혜택을 제공합니다.

2026년 지방 주택 특례 3가지 핵심 변경

개인적으로 이 조항은 은퇴 후 세컨드홈을 계획 중인 1주택자에게 상당히 의미 있는 변화라고 생각합니다. 수도권에 주택 한 채를 두고 지방에 4억 이하 세컨드홈을 취득해도 종부세·양도세 모두 1주택자로 취급받을 수 있다는 것은, 사실상 2주택 리스크 없이 지방 생활권을 확보할 수 있는 구조입니다. 다만 반드시 취득 전 해당 지역의 인구감소관심지역 지정 여부를 행정안전부 지역사랑플랫폼에서 확인해야 합니다.

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Q&A — 5가지 핵심 질문

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마치며 — 총평

2026년 1월 시행령 개정은 조용하지만 실질적인 변화입니다. 대부분의 언론은 ‘부부 공동명의 1주택 특례 확대’라고 한 줄로 보도했지만, 실제 이 규정이 가져오는 효과는 상속이나 지방 저가주택 취득 이후 예상치 못했던 종부세 폭탄을 방어할 수 있는 강력한 안전장치입니다.

개인적으로 이번 개정에서 가장 주목할 부분은 단순한 공제 확대가 아니라 ‘전략적 납세의무자 지정’이 가능해졌다는 점입니다. 고령자이거나 장기 보유자인 배우자를 납세의무자로 지정하면 최대 80% 세액공제가 가능한 구조가 열렸습니다. 이것은 자산 규모가 클수록, 보유 기간이 길수록 더 큰 혜택으로 돌아옵니다.

다만 한 가지 반드시 기억해야 할 점이 있습니다. 공시가격 15~18억 이하 주택 보유자는 공동명의 인별 공제 18억이 과세특례보다 유리한 경우가 많습니다. 특례를 신청했다가 오히려 세금이 늘어나는 역설이 발생할 수 있으므로, 9월 신청 전에 반드시 두 방식을 직접 비교 계산하거나 세무사 검토를 받으시길 강력히 권장합니다.