세금/절세
구 법인세법 기준
장애인고용부담금 손금산입,
지금 신청 안 하면 사라집니다
매년 부담금을 내면서 법인세까지 이중으로 납부해온 기업이 약 8,000곳입니다. 2026년 3월 12일 대법원이 “장애인고용부담금은 제재가 아니라 비용”이라는 판결을 확정하면서, 2018년 이후 과납한 법인세를 돌려받을 길이 열렸습니다. 문제는 2020년 귀속분 경정청구 기한이 이달 말(2026년 3월 31일)에 마감된다는 점입니다.
왜 갑자기 비용이 됐나 — 8년 다툼의 시작
장애인고용부담금 손금산입 논란은 2018년 2월로 거슬러 올라갑니다. 그 전까지는 20년 가까이 국세청이 2003년 예규를 근거로 이 부담금을 세무상 비용(손금)으로 인정해왔습니다. 그런데 2018년 2월 21일 기획재정부가 유권해석을 바꿨습니다. “법령에 따른 의무 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금이므로 손금불산입 대상”이라고 회신한 것입니다(법인세제과-145, 2018.2.21).
이 해석이 바뀌는 순간, 상시 100명 이상 근로자를 고용하면서 장애인 의무고용률(3.1%)을 채우지 못한 수천 개 법인은 부담금을 내고도 그 금액을 법인세 계산에서 비용으로 처리할 수 없게 됐습니다. 부담금을 납부한 뒤 다시 법인세 계산 시 그 부담금을 소득에 더해서 세금을 냈던 셈이니, 이중 부담 구조가 된 것입니다.
이에 한 저축은행이 삼성세무서장을 상대로 경정청구 거부처분 취소소송을 냈습니다. 서울행정법원(2022구합65757, 2023.5.2), 서울고등법원(2023누45325, 2023.12.5)이 연달아 기업의 손을 들어줬고, 과세당국인 삼성세무서장이 상고했지만 대법원이 2026년 3월 12일 그 상고를 기각하면서 8년 다툼이 마무리됐습니다. (출처: 조달경제신문, 2026.03.17)
대법원이 뒤집은 것은 ‘벌금’이라는 낙인
💡 대법원 판결 원문과 장애인고용공단 부담금 제도를 나란히 놓고 봤더니, 기재부의 2018년 해석이 왜 처음부터 어긋났는지가 보였습니다.
대법원 2026. 3. 12. 선고 2024두30809 판결은 핵심 논거를 세 가지로 정리했습니다. 첫째, 벌금이나 과태료 같은 ‘제재’는 고의·과실이라는 책임 요건을 전제로 하는데, 장애인고용부담금은 고의나 과실이 없어도 의무고용률에 미달하기만 하면 부과됩니다. 의무 불이행에 처벌 규정도 없습니다. (출처: 대법원 2024두30809 판결문 — Lexology 수록, 2026.03.18)
둘째, 헌법재판소가 2003년 결정에서 이 부담금을 “유도적·조정적 특별부담금”이라고 규정한 바 있습니다(헌법재판소 2003.7.24. 선고 2001헌바96 전원재판부 결정). 장애인을 더 많이 고용한 기업에는 고용장려금을 지급하고, 미달 기업에서는 부담금을 걷어 재원을 조성하는 구조입니다. 처벌이 아니라 경제적 부담을 평준화하는 제도입니다.
📌 대법원 핵심 판시 요약 (2024두30809)
“공과금은 원칙적으로 손금에 산입되어야 하고, 손금불산입 요건 충족 여부는 조세법률주의에 따라 엄격하게 해석하여야 한다. 장애인고용부담금은 사업주의 사업이나 자산 존재, 거래 등의 행위에 수반되어 발생하는 사업경비로서의 속성을 지닌다.”
셋째, 1997년 이전에는 법인세법 시행령이 장애인고용부담금을 손금에 산입하도록 명시적으로 규정하고 있었습니다. 헌법재판소 위헌결정 이후 법체계가 바뀌면서 그 명시 조항이 빠진 것뿐이고, 손금불산입 대상으로 성격이 바뀐 것은 아니라는 게 법원의 판단입니다. 기재부가 8년 전 해석을 바꿨지만, 대법원이 “그 해석은 틀렸다”고 확정한 셈입니다.
환급받을 수 있는 금액, 직접 계산해봤습니다
세무업계가 이번 판결로 예상되는 환급 규모를 약 1조 원으로 추산한 근거를 따라가 봤습니다. 한국장애인고용공단 통계 기준으로 2020~2024년 5개 사업연도 부담금 누적 신고액은 4조 2,503억 원이며, 연평균 약 8,500개 사업장이 신고 대상입니다. (출처: 조달경제신문 2026.03.17 / KEAD 공식 통계)
부담금 전액을 손금에 산입하면 과세표준이 그만큼 줄어들고, 거기에 법인세율을 곱한 금액이 환급됩니다. 2024년 기준 법인세율은 과세표준 200억 원 이하 구간 22%, 200억~3,000억 원 구간 24.2%, 3,000억 원 초과 구간 27.5%입니다. 연간 1억 원의 부담금을 납부한 중소 법인을 기준으로 보면 대략 아래 계산이 나옵니다.
| 구분 | 금액 | 비고 |
|---|---|---|
| 연간 납부 부담금 (예시) | 1억 원 | 상시 100명 이상 기업 |
| 손금산입 후 과세표준 감소 | 1억 원 | 부담금 전액 비용 처리 |
| 적용 법인세율 (22% 구간) | 22% | 과세표준 200억 이하 |
| 연간 환급 가능 세액 | 약 2,200만 원 | 1개 사업연도 기준 |
| 5개 사업연도 합산(FY2020~2024) | 약 1억 1,000만 원 | 지방세 포함 시 더 높음 |
계산식 자체는 단순합니다. (연간 납부 부담금 합계) × (법인세율) = 환급 예상 세액. 법인세율 22% 기준이면 부담금의 약 22%가 돌아옵니다. 부담금 규모가 클수록 환급액도 커지는 구조입니다. 부담금을 연 5억 원 납부해온 중견기업이라면 단순 계산으로 5개 사업연도 합산 약 5억 5,000만 원이 나옵니다. 법인지방소득세까지 합산하면 실질 환급률은 약 24~25%까지 올라갑니다.
경정청구 시한이 이달 말 — 놓치면 그냥 소멸됩니다
⚠️ 긴급 — FY2020 귀속분 기한 2026년 3월 31일
12월 결산 법인 기준으로 FY2019 법인세 신고기한은 2020년 3월 31일입니다. 경정청구 가능 기간은 법정신고기한으로부터 5년이므로, 2019 사업연도 분은 이달 말(2026년 3월 31일)이 마감입니다. 판결 확정 후 2주일도 안 돼 기한이 찾아옵니다.
법인세 경정청구는 국세기본법 제45조의2에 따라 법정신고기한으로부터 5년 이내에 해야 합니다. 이 기간이 지나면 과납 세액 청구권은 소멸합니다. 대법원 판결이 나왔더라도 기한을 지나면 환급받을 수 없다는 뜻입니다.
| 귀속 사업연도 | 법인세 신고기한 | 경정청구 만료일 | 현재 상태 |
|---|---|---|---|
| FY2019 | 2020.03.31 | 2026.03.31 ⚠️ | 이달 말 마감 |
| FY2020 | 2021.03.31 | 2026.03.31 | 동일 |
| FY2021 | 2022.03.31 | 2027.03.31 | 1년 여유 |
| FY2022 | 2023.03.31 | 2028.03.31 | 2년 여유 |
| FY2023 | 2024.03.31 | 2029.03.31 | 3년 여유 |
| FY2024 | 2025.03.31 | 2030.03.31 | 4년 여유 |
위 표에서 FY2019 기한이 2026.03.31로 표기된 것은, 12월 결산 법인이 2019년 사업연도 법인세를 2020년 3월 31일에 신고했고, 그로부터 5년째가 올해 3월 31일이기 때문입니다. 3월 결산법인이나 6월 결산법인은 신고기한 자체가 다르므로, 해당 법인의 실제 신고기한 기준으로 5년을 계산해야 합니다.
경정청구는 홈택스(www.hometax.go.kr)에서 직접 신청할 수 있습니다. [신고/납부 → 법인세 → 경정청구] 메뉴로 이동해 해당 사업연도를 선택하고, 장애인고용부담금을 손금산입하는 방향으로 세무조정계산서를 수정 제출하면 됩니다. 다만 세무조정 내역이 복잡한 법인은 세무사 또는 변호사의 검토를 거치는 것이 실무적으로 안전합니다.
2025년 귀속분은 같은 방식으로 못 받을 수 있습니다
💡 기재부는 대법원 판결이 나오기 전에 이미 법인세법 조문을 바꿨습니다. 판결 결과를 미리 예상하고 선제 대응한 셈인데, 2025년 귀속분부터는 그 개정 조문이 적용됩니다.
이번 대법원 판결은 “구 법인세법 제21조 제5호”를 근거로 합니다. 여기서 ‘구 법인세법’이 중요합니다. 기획재정부는 2심 판결(서울고등법원, 2023.12) 이후 2024년 세법개정을 통해 법인세법 제21조 제5호 문구를 손봤습니다. 기존 “제재로서 부과되는 공과금” 표현을 “위반을 이유로 부과되는 공과금”으로 변경한 것입니다.
이 개정 조문은 2025년 1월 1일부터 시행됩니다. 즉, FY2025(2025년 귀속) 이후 법인세 신고에는 새로운 조문이 적용됩니다. 한국공인회계사회 세정지원본부는 “현행 개정 조문이 이번 대법원 판결에서 완전히 자유로울 수 있는지는 의문”이라는 견해를 냈습니다. (출처: 한국공인회계사회 웹진, 2026.03.16)
📌 FY2024 이전 vs. FY2025 이후 적용 조문 비교
정부가 왜 조문을 미리 바꿨는지 공식 이유를 밝히지 않았습니다. 적어도 FY2025 신고(2026년 3월 신고)부터는 자동으로 손금산입이 된다고 단정하기 어렵습니다. 현재 시점에서는 세무업계에서도 해석이 엇갈리고 있어, FY2025 이후 귀속분에 대해서는 전문가 자문을 별도로 받아야 한다는 게 실무 권고입니다.
공공기관도 해당됩니다 — 민간보다 의무고용률이 높아서
💡 공공기관은 민간기업(3.1%)보다 높은 3.8% 의무고용률이 적용됩니다. 부담금 규모가 더 크다는 뜻이고, 이번 판결의 실질 환급 효과도 더 클 수 있습니다.
한국장애인고용공단 공식 자료에 따르면 2026년 적용 기준으로 민간사업주(상시 100명 이상)의 의무고용률은 3.1%이고, 국가·지자체, 공공기관, 지방공사·공단은 3.8%입니다. (출처: 한국장애인고용공단 공식 홈페이지 kead.or.kr) 의무고용률이 높을수록 미달 인원이 많아지고 부담금 규모도 커집니다.
공공기관은 법인세를 납부하는 기관이라면 이번 대법원 확정판결의 경정청구 대상에 포함됩니다. 공공기관 특성상 예산 및 결산 검토가 연간 단위로 이루어지기 때문에, 과납 세액 환급이 확정되면 재무제표에 즉각 반영됩니다.
📊 2026년 기준 부담기초액 (한국장애인고용공단 공식 고시)
| 고용 수준 | 부담기초액 |
|---|---|
| 의무고용의 3/4 이상 고용 | 1,295,000원/인·월 |
| 의무고용의 1/2~3/4 미달 | 1,372,700원/인·월 |
| 의무고용의 1/4~1/2 미달 | 1,554,000원/인·월 |
| 의무고용의 1/4 미달 | 1,813,000원/인·월 |
| 장애인 1명도 미고용 | 2,156,880원/인·월 |
출처: 한국장애인고용공단 공식 홈페이지 (kead.or.kr), 2026년 적용 기준
이번 판결에 대해 장애인 단체 측에서는 강하게 반발하고 있습니다. 한국장애인재활협회는 “장애인 고용의무를 채우지 못한 기업에 비용 처리를 허용하면 부담금의 제재 기능이 약화되고 장애인 고용 촉진 효과가 훼손될 것”이라는 성명을 냈습니다. (출처: 웰페어뉴스, 2026.03.17) 법적 결론과 사회적 논쟁이 충돌하는 지점이어서, 이후 입법 보완 논의가 이어질 가능성이 있습니다.
자주 묻는 질문 5가지
마치며
이번 대법원 판결은 단순히 “기업이 세금 환급받는다”는 이야기가 아닙니다. 20년 가까이 인정되던 것이 한 번의 기재부 예규로 8년간 막혔다가, 법원이 다시 원점으로 돌려놓은 사건입니다. 솔직히 말하면, 과세당국 유권해석 하나가 수천 개 법인에 수조 원 규모의 세 부담을 만들어낼 수 있다는 게 놀랍습니다.
경정청구 기한이 이달 말인 FY2019·FY2020 귀속분은 지금 당장 세무조정계산서를 꺼내봐야 합니다. 해당 연도에 부담금을 납부했고 손금불산입으로 세무조정했다면, 이달 안에 경정청구를 제출하지 않으면 환급 기회가 사라집니다. 반면 FY2021 이후 귀속분은 상대적으로 시간이 있으니 전문가와 함께 정확하게 준비할 수 있습니다.
FY2025 이후는 개정 조문 해석이 아직 정리되지 않았습니다. 국세청 유권해석을 기다리면서 신중하게 접근하는 것이 현실적입니다.
한 가지 더 언급할 점은, 이 판결이 장애인 고용 현장에 미칠 영향입니다. 부담금이 비용이 되면 기업 입장에서 부담감이 줄고 고용 대신 납부를 선택하는 유인이 커질 수 있다는 지적이 나옵니다. 법적 결론과 제도 취지 사이의 균형은 앞으로 입법 논의에서 다뤄져야 할 부분입니다.
본 포스팅 참고 자료
본 포스팅은 2026년 3월 25일 작성 기준이며, 이후 세법 개정, 국세청 유권해석, 대법원 추가 판결 등에 따라 내용이 달라질 수 있습니다. 실제 경정청구 및 세무 처리는 반드시 담당 세무사 또는 공인회계사의 자문을 받아 진행하시기 바랍니다. 본 포스팅은 정보 제공 목적으로 작성되었으며 법률적 조언으로 해석될 수 없습니다.
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