소득세법 §133 · 조특법 §122의3 기준
종합소득세 성실신고,
이번이 마지막 공제 기회입니다
성실신고 대상자에게 주어진 의료비·교육비 세액공제 적용 기한이 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도까지입니다. 2025년 귀속 종합소득세, 즉 2026년 5~6월에 신고하는 이번이 사실상 마지막 적용 기회입니다. 이 공제를 놓치면 근로자에게만 해당되는 것으로 알고 있던 혜택을 영원히 포기하는 셈입니다.
성실신고 대상인지부터 확인하세요
결론부터 말씀드리면, 성실신고 확인 대상 여부는 2025년 한 해 동안 벌어들인 수입금액을 업종별 기준과 비교하는 것으로 판가름납니다. 2026년 5월 신고할 때 기준이 되는 건 작년 매출입니다.
| 업종 구분 | 2018귀속~현재 기준금액 | 해당 업종 예시 |
|---|---|---|
| 1그룹 | 15억원 이상 | 농·임·어업, 광업, 도매·소매업, 부동산매매업 |
| 2그룹 | 7.5억원 이상 | 제조업, 숙박업, 음식점업, 건설업, 정보통신업, 금융·보험업 |
| 3그룹 | 5억원 이상 | 부동산임대업, 교육서비스업, 보건·의료, 예술·스포츠, 변호사·세무사·회계사 등 사업서비스업 |
(출처: 국세청 성실신고확인제도 안내, nts.go.kr)
💡 수입금액 계산이 생각보다 복잡합니다. 단순 매출만 보면 안 됩니다. 국세청 공식 안내에 따르면 간주임대료, 판매장려금, 신용카드 세액공제액, 사업 양수도 시 재고자산 시가 상당액까지 모두 더해야 합니다. 반대로 고정자산 매각액은 빠집니다. 장부에 잡힌 매출과 소득세법상 수입금액이 다를 수 있다는 뜻이고, 이 차이 때문에 “나는 해당 없겠지”라고 생각했다가 뒤늦게 가산세를 맞는 경우가 실제로 있습니다.
세무사 등 확인자는 세무사, 공인회계사, 세무법인, 회계법인에 한정됩니다(소득세법 시행령 제133조 제3항). 가족이나 지인 세무사여도 동일한 기준이 적용됩니다. 확인을 받아야 하는 사람과 확인을 해주는 사람이 법으로 정해져 있습니다.
확인비용 세액공제, 실제로 얼마나 돌려받을까
성실신고 확인서 제출 자체는 돈이 들어가는 작업입니다. 세무사에게 별도 수수료를 내야 하는데, 이 비용이 부담스러워 확인을 포기하는 사업자가 적지 않습니다. 그런데 공식 자료를 그대로 따라가면, 실제 부담은 수수료 전체가 아닙니다.
💡 공식 발표 수치와 실제 부담액을 같이 계산해보면 다릅니다.
성실신고 확인 수수료로 200만원을 냈다고 가정하면 아래 3단계가 동시에 작동합니다.
- 세액공제: 200만원 × 60% = 120만원 → 한도 120만원 내이므로 전액 세액공제 (출처: 조세특례제한법 §126의6)
- 경비 처리: 수수료 200만원 전액을 다음 해 종합소득세 필요경비로 계상 → 세율 24% 구간이면 약 48만원 절세 효과
- 부가세 매입공제: 수수료 200만원 + 부가세 20만원 지출 → 부가세 신고 시 20만원 매입세액 공제
합산하면 최소 188만원(120 + 48 + 20)을 돌려받게 되고, 순 부담은 수수료 220만원(부가세 포함) 대비 32만원 수준으로 떨어집니다. 수수료가 부담스럽다는 인식과 실제 계산 결과는 꽤 다릅니다.
(출처: 국세청 성실신고확인제도 안내 nts.go.kr / 세이브택스 공식 블로그 save-tax.co.kr)
단, 세액공제 한도는 120만원으로 고정입니다(2018년 귀속부터). 수수료가 300만원이어도 공제는 최대 120만원까지만 됩니다. 수수료 비교견적을 받는 게 의미 있는 이유가 여기 있습니다.
의료비·교육비 공제, 올해가 마지막인 이유
개인사업자는 근로자와 달리 의료비·교육비 세액공제를 받을 수 없다고 알고 있는 경우가 많습니다. 정확히는 반만 맞는 말입니다. 성실신고 확인서를 제출한 사업자에게는 조세특례제한법 제122조의3에 따라 의료비, 교육비, 월세 세액공제가 별도로 허용됩니다.
📌 성실신고확인대상자 전용 공제 항목 (조특법 §122의3)
- 의료비: 지출액의 15% 세액공제 (미숙아·선천성이상아 20%, 난임시술비 30%)
- 교육비: 지출액의 15% 세액공제
- 월세: 지출액의 15% 세액공제 (종합소득금액 4,500만원 이하 시 17%), 연 1,000만원 한도
그리고 이 공제의 적용 기한이 “2026년 12월 31일이 속하는 과세연도까지”입니다(조특법 §122의3, 국세청 공식 안내 확인). 2025년 귀속 소득을 2026년 5~6월에 신고하는 이번 신고가 마지막 적용 대상이 됩니다. 2026년 귀속분은 2027년 신고인데, 현재로서는 연장 여부가 공식적으로 발표되지 않은 상태입니다.
⚠️ 의료비·교육비를 많이 지출한 해일수록 이번 신고가 중요합니다. 예를 들어 2025년에 의료비로 500만원을 썼다면 500만원 × 15% = 75만원을 세액에서 그대로 깎을 수 있습니다. 이 공제는 소득공제가 아니라 세액공제라 소득세를 산출한 뒤 직접 차감됩니다. 세율 구간에 상관없이 동일한 금액이 줄어듭니다.
세액공제가 통째로 사라지는 조건
성실신고 확인서를 내고 세액공제를 받았어도, 나중에 세무조사나 경정으로 소득이 더 있었다는 게 밝혀지면 공제를 전부 돌려줘야 합니다. 이 조건을 모르고 있는 사업자가 많습니다.
💡 확인비용 세액공제 추징 기준과 의료비·교육비 추징 기준이 서로 다릅니다. 같은 제도처럼 보이지만 공식 문서에서 기준선이 분리돼 있습니다.
| 공제 종류 | 추징 발동 기준 | 추가 불이익 |
|---|---|---|
| 성실신고 확인비용 세액공제 (조특법 §126의6) |
과소신고 사업소득금액이 경정된 사업소득금액의 10% 이상 | 경정일 다음 과세연도부터 3년간 공제 배제 |
| 의료비·교육비 세액공제 (조특법 §122의3) |
과소신고 수입금액이 경정 수입금액의 20% 이상, 또는 과대계상 경비가 경정 경비의 20% 이상 | 추징 후 3년간 공제 배제 |
(출처: 국세청 성실신고확인제도 안내 nts.go.kr)
실제 사례를 보면, 수정신고를 자진으로 했어도 추징 대상이 됩니다. 국세청 공식 입장에서 수정신고로 인한 경정도 동일하게 취급합니다. 세무사에게 나중에 수정신고를 하면 된다고 생각했다면, 그 수정신고 자체가 세액공제 추징 및 3년 배제의 원인이 됩니다.
확인서 안 내면 얼마나 나올까 — 가산세 계산
성실신고 대상자가 6월 30일까지 확인서를 제출하지 않으면 산출세액의 5%가 가산세로 부과됩니다(소득세법 §81의2). 국세청 공식 WebTV 설명 기준으로 종합소득세가 1억원이면 500만원의 가산세가 붙습니다. 단순 수수료 아끼려다 몇 배를 내는 구조입니다.
📐 가산세 직접 계산 공식
Max [ ① 산출세액 × (미제출 사업장 소득금액 / 종합소득금액) × 5%,
② 사업소득 총수입금액 × 0.02% ]
예시: 산출세액 5,000만원, 사업소득이 종합소득 전부인 경우
① 5,000만원 × 1 × 5% = 250만원
② 수입금액 10억원 × 0.02% = 20만원
→ 가산세 250만원 (둘 중 큰 금액)
가산세 외에 수시 세무조사 대상으로도 선정될 수 있습니다(국세기본법 §81의6③). 세무조사가 열리면 검토 범위가 해당 연도에만 그치지 않는 경우가 많습니다. 미제출 가산세가 250만원이어도 조사 결과로 나오는 추징세액은 그 몇 배가 될 수 있습니다.
공동사업자와 복수 사업장 주의사항
사업장이 여러 개이거나 공동사업으로 운영하는 경우 적용 방식이 달라집니다. 이 부분에서 혼동이 많습니다.
공동사업장 → 단독사업으로 변경 시
국세청 공식 안내에 따르면, 공동사업장은 변경일 전날에 폐업한 것으로 보고 소득금액을 계산합니다. 이때 폐업 시 재고자산의 시가 상당액을 수입금액에 포함해 대상 여부를 판단합니다. 단독사업장은 공동사업장과 별개로 각자의 수입금액 기준을 적용합니다. 단순히 “지분이 반이니 수입도 반”으로 볼 수 없습니다.
일부 사업장만 확인받은 경우
2018년 귀속분부터 일부 사업장만 성실신고 확인을 받은 경우에도 세액공제를 적용받을 수 있습니다(조특법 §126의6 개정). 이전에는 모든 사업장에서 확인을 받아야 했으나 규정이 바뀌었습니다. 다만, 공제액 계산 기준은 확인을 받은 사업장의 소득금액 비율로 제한됩니다.
💡 공동사업장의 확인서는 대표자가 제출합니다. 구성원 전원이 6월 말까지 신고·납부할 수 있는 혜택은 대표자가 확인서를 제출해야만 발생합니다. 대표자가 아닌 공동사업자는 대표자 제출 여부에 결과가 묶입니다.
Q&A 5가지
Q1. 작년 매출이 기준을 넘었지만 올해는 줄었습니다. 그래도 대상인가요?
네, 대상입니다. 성실신고 대상 여부는 신고 대상 과세연도(2025년)의 수입금액이 기준입니다. 올해(2026년) 매출이 줄었어도 작년 수입금액이 기준을 넘었으면 이번 신고에서는 대상입니다. 반대로 작년에 처음 기준을 넘었다면, 매출이 15억 이하로 감소한 해의 다음 해부터는 대상에서 빠질 수 있습니다.
Q2. 세액공제 120만원 한도가 초과되면 나머지는 어떻게 처리하나요?
세액공제는 120만원 한도로 끝납니다. 초과된 금액을 이월 적용하거나 환급받는 규정은 없습니다. 다만 수수료 전액은 사업 관련 경비로 필요경비 계상이 가능하고, 부가세 매입세액 공제도 별도로 받을 수 있습니다. 세액공제만 보면 한도가 있지만, 나머지 절세 루트는 열려 있습니다.
Q3. 의료비를 많이 써도 세액공제 한도가 있나요?
의료비·교육비 세액공제 자체에는 별도 한도 금액이 공식 문서에서 명시되어 있지 않습니다. 다만 최저한세 적용 대상이어서 공제 후 납부세액이 최저한세 이하로 내려가지는 않습니다. 월세의 경우에는 연간 1,000만원이 공제 대상 한도입니다.
Q4. 성실신고 확인을 받았는데 이후 세무조사가 나올 수 있나요?
확인서를 제출하면 세무조사 확률이 줄어드는 건 맞습니다. 그러나 확인서 제출 자체가 조사를 면제하는 장치는 아닙니다. 제출 후에도 세무조사 결과 확인이 부실했던 것으로 드러나면 사업자뿐 아니라 세무대리인도 징계 책임을 집니다. 확인서를 형식적으로 받아두기만 하면 오히려 세무사 입장에서도 책임이 커지기 때문에, 실무에서는 세무사도 꼼꼼하게 확인하는 편입니다.
Q5. 성실신고 대상이 아닌데도 6월 30일까지 신고할 수 있나요?
아닙니다. 6월 30일 신고 기한은 성실신고 확인서를 제출한 사람에게만 주어지는 혜택입니다. 일반 개인사업자 신고 기한은 5월 31일이며, 대상이 아닌 경우 5월을 넘기면 가산세가 발생합니다.
마치며
성실신고 확인제도를 두고 “매출이 커지면 세금도 더 복잡해진다”는 인식이 많습니다. 맞는 말이지만, 이번 신고만큼은 반대로 볼 여지가 있습니다. 확인비용 세액공제·경비처리·부가세 환급을 모두 적용하면 실부담이 수만원 수준까지 줄고, 의료비·교육비 공제는 근로자처럼 받을 수 있습니다. 이 공제가 올해 말로 종료되는 조건이어서 2025년 귀속 신고가 마지막 기회입니다. 수수료가 부담스럽다는 이유로 확인서 제출을 미루면, 가산세(산출세액 5%)와 세무조사 위험이 남습니다. 기한은 2026년 6월 30일입니다.
본 포스팅 참고 자료
- 국세청 성실신고확인제도 안내 — nts.go.kr/nts/cm/cntnts/cntntsView.do?mi=2234&cntntsId=7672
- 국세청 WebTV — 종합소득세 성실신고 확인제도 — nts.go.kr
- 조세특례제한법 제122조의3 (성실사업자 의료비 등 공제) — law.go.kr
- 세이브택스 공식 블로그 — 성실신고 수수료 줄이는 법 3가지 — save-tax.co.kr
본 포스팅은 2026.03.24 기준 / 소득세법·조세특례제한법 현행 기준으로 작성되었습니다. 본 포스팅 작성 이후 세법 개정, 서비스 정책·UI·기능이 변경될 수 있습니다. 세금 관련 의사결정은 반드시 담당 세무전문가와 확인하시기 바랍니다.
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