종합부동산세법 시행령 제3조 개정
종합부동산세 합산배제, 이 조건에서만 경정청구가 됩니다
2025년 10월, 국세청이 5만 2천 가구를 향해 1조 293억 원을 추징하려 했습니다. 10년간 합산배제를 받아오던 임대사업자들이 대상이었습니다. 이유는 단 하나, ‘업종코드’가 달랐다는 것이었습니다.
10년간 혜택 받다가 하루아침에 추징 통보, 어떻게 가능했나
종합부동산세 합산배제는 등록 임대주택을 보유한 임대사업자에게 해당 주택을 종합부동산세 과세표준에 포함시키지 않는 혜택입니다. 쉽게 말해, 합산배제 대상 주택은 종부세를 아예 안 냅니다.
그런데 2025년 10월, 국세청이 예상치 못한 방향으로 움직였습니다. 실질적으로는 주택임대업을 해왔지만, 세무서에 사업자등록을 할 때 업종코드를 ‘주택임대업’이 아닌 ‘부동산임대업’ 또는 ‘부동산개발업’ 등으로 등록한 임대사업자들을 대상으로 대규모 과세를 시도한 것입니다.
💡 공식 발표 수치와 실제 추징 시도 경위를 함께 놓고 보니 이런 구도가 보였습니다. 기존 시행령은 ‘주택임대업 사업자등록’을 요건으로 했는데, 업종코드는 사업자등록증에 인쇄조차 되지 않는 내부 관리 코드입니다. 대외적으로 공시되지도 않습니다.
더불어민주당 안도걸 의원이 국정감사에서 공개한 수치에 따르면 추징 대상 가구는 5만 2천 가구, 금액은 1조 293억 원에 달했습니다. (출처: 스트레이트뉴스, 2026.02.25) 사업자등록증에도 나오지 않는 코드 하나로 10년치 세금을 한꺼번에 내야 할 상황이 생긴 것입니다.
안 의원은 국정감사에서 “국세청 내부 업종코드에도 없는 주택임대업 코드를 기준으로 종부세를 추징하는 것은 조세법률주의 명확성 원칙에 위배된다”고 지적했고, 이 압박이 이번 시행령 개정으로 이어졌습니다. (출처: 스트레이트뉴스, 2026.02.25)
2026년 2월 27일 시행령 개정: 바뀐 것과 안 바뀐 것
2026년 2월 27일, 종합부동산세법 시행령이 공포·시행됐습니다. 핵심 변경은 딱 한 줄입니다.
| 구분 | 개정 전 | 개정 후 (현행) |
|---|---|---|
| 사업자등록 요건 | 소득세법/법인세법에 따른 주택임대업 사업자등록 |
소득세법/법인세법에 따른 사업자등록 (업종 무관) |
| 민간임대주택법 등록 | 지자체 임대사업자 등록 필수 | 지자체 임대사업자 등록 필수 (유지) |
| 적용 시기 | 최초안: 시행일 이후 납세의무 성립분 | 시행일 이후 신고·결정·경정분 (과거 부과분도 포함) |
바뀐 건 세무서 사업자등록의 업종코드 제한을 없앤 것입니다. 실질적으로 임대사업자 등록을 마치고 주택을 임대하고 있다면, 세무서에 어떤 업종으로 사업자등록이 됐는지는 더 이상 합산배제 판단 기준이 되지 않습니다. (출처: 법무법인 김앤장 세무법인 분석, 2026.03.26)
⚠️ 주의: 바뀌지 않은 것도 있습니다. 지자체(시·군·구청) 임대사업자 등록은 여전히 필수입니다. 세무서 업종코드만 달랐던 경우에는 이번 개정으로 해소되지만, 지자체 등록 자체를 하지 않은 경우는 개정 대상이 아닙니다.
경정청구가 되는 경우와 안 되는 경우
이번 개정에서 가장 중요한 포인트는 적용 시기의 변화입니다. 최초 시행령 개정안과 최종 시행령이 달라졌다는 사실을 기존 블로그 대부분이 다루지 않고 있습니다.
최초 개정안(2026.01.16 재정경제부 발표)에는 “시행일 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용”이라고 돼 있었습니다. 이 표현대로라면 2025년 이전에 이미 부과된 종부세는 구제받지 못하는 구조였습니다.
📌 최종 시행령에서 달라진 적용 시기
최초안 → “시행일 이후 납세의무 성립분부터”
최종안 → “시행일 이후 신고·결정·경정하는 분부터”
경정을 포함했다는 건 과거에 이미 부과된 종부세도 경정청구 또는 불복으로 돌려받을 여지가 생겼다는 뜻입니다.
실제로 어떻게 활용하느냐가 중요합니다. 법무법인 김앤장의 분석에 따르면 경우에 따라 아래 두 가지 방법이 가능합니다. (출처: 법무법인 김앤장, 2026.03.26)
| 납부 방식 | 구제 수단 | 기간 제한 |
|---|---|---|
| 자진신고 납부한 경우 | 경정청구 | 법정신고기한 다음 날부터 5년 이내 |
| 부과고지 받은 경우 | 불복(이의신청·심판청구) | 부과고지일로부터 90일 이내 |
특히 주의할 케이스: 2025년 종부세를 2025년 12월 중순에 부과고지 받았다면, 90일이 되는 시점은 2026년 3월 중순입니다. 이 글이 공개되는 2026년 3월 말 기준으로 불복 기간이 거의 종료된 상황입니다. 혹시 아직 대응을 못 하셨다면 즉시 세무사 또는 법무법인에 상담하는 것이 맞습니다. (출처: 법무법인 김앤장, 2026.03.26)
합산배제를 받으려면 여전히 지켜야 할 3가지 요건
업종코드 문제가 해소됐다고 해서 모든 임대주택이 합산배제를 받는 것은 아닙니다. 이번 개정은 ‘사업자등록 요건’만 완화한 것이고, 나머지 요건은 그대로 유지됩니다. 이 세 가지를 하나라도 어기면 과거에 경감받은 세액과 이자상당가산액이 한꺼번에 추징됩니다. (출처: 국세청 합산배제·과세특례 신고 안내)
의무임대기간 준수
장기일반민간임대주택은 10년, 단기임대주택(유형에 따라 다름)은 5년 이상 임대해야 합니다. 기간을 채우기 전에 양도하거나 폐업하면 그동안 경감받은 종부세 전액을 이자까지 더해 내야 합니다.
임대료 증액 5% 상한 준수
임대보증금 또는 임대료 증가율이 5%를 초과하면 해당 연도와 그 다음 연도, 총 2년간 합산배제 적용에서 제외됩니다. 단순히 ‘올해만 걸리고 끝’이 아니라 다음 해까지 영향이 이어집니다. (출처: 국세청 보도참고자료, 2022.09)
공시가격 요건 (매입임대주택)
매입임대주택의 경우 임대 개시일 기준 공시가격 기준을 충족해야 합니다. 수도권 6억 원 이하(단, 주택 유형과 취득 시기에 따라 달라질 수 있음), 수도권 외 3억 원 이하가 일반 기준이며 공시가격이 오르더라도 임대 개시 당시 가격을 기준으로 판단합니다.
임대료 5% 초과 위반은 생각보다 자주 발생합니다. 계약 갱신 시 인상폭을 5% 이하로 맞췄다고 해도 1년 이내에 재인상을 요청하면 위반이 될 수 있습니다. 종합부동산세법 시행령에는 “임대차계약 체결 또는 임대료 증액 이후 1년 이내에는 증액 청구를 할 수 없다”고 명시돼 있습니다. (출처: 종합부동산세법 시행령, law.go.kr)
9월 신고 전에 반드시 확인해야 할 서식 변경사항
합산배제 신고 기간은 매년 9월 16일~9월 30일입니다. 이 기간에 국세청 홈택스에서 신고해야 그해 11월 종부세 정기고지 때 혜택을 받습니다.
💡 공식 발표 흐름을 순서대로 놓고 보니 놓치기 쉬운 타이밍이 보였습니다. 시행령은 2026년 2월 27일에 시행됐지만, 이에 맞춰 합산배제 (변동)신고서 등 관련 서식을 개정하기 위한 종합부동산세법 시행규칙 개정안이 2026년 3월 3일에 입법예고됐습니다. 서식이 아직 최종 확정된 것이 아닙니다. (출처: 법무법인 김앤장, 2026.03.26)
이것이 왜 중요하냐면, 기존 서식 기준으로 9월에 신고할 경우 업종코드 관련 항목이 시행령 개정 내용을 반영하지 못한 채 그대로 남아있을 수 있기 때문입니다. 9월 신고 시점에는 반드시 국세청 홈택스에서 최신 서식 버전을 확인하고 신고해야 합니다.
또한 시행규칙 개정 전까지 합산배제 신고서에 어떤 업종코드를 기재해야 하는지에 대해서는 국세청이 공식 답변을 내놓지 않은 상태입니다. 9월 신고 전 국세청 고객센터(126) 또는 담당 세무서를 통해 확인하는 것이 가장 안전합니다.
자주 묻는 질문
Q1. 세무서에 부동산임대업으로 등록했는데 이번 개정으로 자동으로 구제되나요?
자동 구제는 아닙니다. 이미 부과고지를 받은 경우라면 90일 이내에 직접 불복(이의신청 또는 심판청구)을 해야 하고, 자진 납부한 경우라면 경정청구 절차를 직접 진행해야 합니다. 아무런 조치를 취하지 않으면 낸 세금이 그대로 확정됩니다.
Q2. 지자체 임대사업자 등록은 했는데 세무서 사업자등록을 아예 안 했습니다. 이 경우도 해당되나요?
해당되지 않습니다. 이번 개정은 세무서에 사업자등록은 했지만 업종코드가 ‘주택임대업’이 아닌 경우에만 적용됩니다. 세무서 사업자등록 자체가 없다면 기존 요건을 충족하지 못한 것으로, 이번 개정의 적용 대상이 아닙니다.
Q3. 임대료를 5% 이상 올렸는데 합산배제를 신청해도 되나요?
신청은 할 수 있지만 혜택이 적용되지 않습니다. 임대료 증액 5% 상한을 초과한 연도와 그 다음 연도, 총 2년간 합산배제에서 제외됩니다. 이 기간에 신고를 했더라도 사후 검증에서 적발되면 감면받은 세액과 이자상당가산액이 추징됩니다.
Q4. 합산배제 신고를 한 번 했으면 매년 안 해도 되나요?
최초 신고 이후 소유권이나 전용면적 변동이 없다면 매년 별도 신고 없이 계속 적용됩니다. 그러나 주택을 추가 취득하거나 말소, 재등록이 발생했다면 변동 신고를 해야 합니다. 변동 없이 그냥 두면 자동 적용되지만, 요건이 바뀌었을 때 신고를 누락하면 사후 추징 대상이 될 수 있습니다.
Q5. 미분양주택 합산배제 기간이 7년으로 연장됐다는데 조건이 있나요?
있습니다. 주택신축판매업자가 보유한 미분양주택에 한해, 2025년과 2026년에 종합부동산세 납세의무가 성립하는 분에 한정해 합산배제 기간이 5년에서 7년으로 연장됩니다. 2027년 납세의무 성립분부터는 다시 5년 기준이 적용됩니다. (출처: 국세청 합산배제·과세특례 신고 공식 안내)
마치며
이번 시행령 개정은 분명히 좋은 방향입니다. 사업자등록증에 나오지도 않는 업종코드를 기준으로 10년치 세금을 소급 추징하려던 시도가 입법으로 막혔고, 과거에 부당하게 납부한 세금을 돌려받을 길도 열렸습니다.
다만 불복 기간이 부과고지일로부터 90일로 짧다는 점, 서식은 아직 입법예고 단계라는 점, 그리고 임대료 5% 초과나 의무임대기간 미충족 같은 나머지 요건은 그대로라는 점이 변수입니다.
개정 내용이 좋다고 해서 수동적으로 기다리면 혜택을 놓칩니다. 2025년 종부세를 부과고지로 받으신 분이라면 3월 중순 불복 기간이 마감되기 전에 움직이셔야 합니다. 자진 납부하신 분은 경정청구 기간이 5년이므로 조금 여유가 있습니다만, 빠를수록 유리합니다.
📚 본 포스팅 참고 자료
- 법무법인 김앤장 — 임대주택 합산배제 요건 완화를 위한 종합부동산세법 관련 법령 개정 안내 (kimchang.com)
- 국세청 — 종합부동산세 합산배제 및 과세특례 신고 공식 안내 (nts.go.kr)
- 한국세정신문 — 2025년 세법 시행령 개정안-종합부동산세법 (taxtimes.co.kr)
- 스트레이트뉴스 — 임대사업자 종부세 합산배제 세제 개편 (2026.02.25) (straightnews.co.kr)
- 법률신문 — 임대주택 합산배제 요건 완화를 위한 법령 개정 (2026.03.26) (lawtimes.co.kr)
본 포스팅은 2026년 2월 27일 시행된 종합부동산세법 시행령 개정 내용을 기준으로 작성되었습니다.
본 포스팅 작성 이후 서비스 정책·법령·행정 해석이 변경될 수 있으며, 개별 사안에 대한 법적 효과는 반드시 세무사 또는 법무법인을 통해 확인하시기 바랍니다.
이 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며, 구체적인 세무·법률 조언을 대체하지 않습니다.
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