종합부동산세법 시행령 제3조 개정
종부세 합산배제, 업종코드 없어도 됩니다
2025년 10월, 국세청이 5만 2,000여 가구에 달하는 임대사업자를 대상으로
1조 293억 원 규모의 종부세 추징을 시도했습니다.
이유는 단 하나 — 사업자등록 업종코드가 ‘주택임대업’이 아니라는 것이었습니다.
2026년 2월 27일, 그 논란을 정면으로 막는 시행령이 공포·시행됐습니다.
지금 이 글은 그 개정 내용을 실무에서 바로 쓸 수 있도록 정리한 것입니다.
왜 갑자기 1조 원 추징이 시작됐나
종부세 합산배제 임대주택 제도는 일정 요건을 갖춘 임대주택을 종합부동산세 과세표준에서 아예 빼주는 제도입니다.
지자체 임대사업자등록과 세무서 사업자등록을 마친 임대인이 대상인데, 2025년 10월 전까지만 해도 이 요건은
비교적 유연하게 운영돼 왔습니다.
문제는 국세청이 2025년 10월경 ‘주택임대업’ 업종코드(701101·701102 등)로 사업자등록이 되지 않은
임대사업자들에게 일제히 종부세를 과세하기 시작하면서 불거졌습니다.
REITs(부동산투자회사)처럼 ‘비주거용 부동산 임대업’이나 ‘부동산개발업’ 업종으로 등록된 채
오랫동안 주택을 임대해 온 법인·개인들이 갑작스런 추징 통보를 받은 것입니다.
💡 실제로 사업자등록증에 어떤 업종코드가 표시됐는지 본인도 모르는 경우가 많습니다.
사업자등록증에는 업종명만 나오고 코드 번호는 따로 확인해야 합니다.
국세청 홈택스 → ‘사업자 등록 사항 조회’에서 업종코드를 확인할 수 있습니다.
더불어민주당 안도걸 의원은 2025년 국감에서 이 추징 예정 규모가
1조 293억 원, 5만 2,000여 가구에 달한다는 점을 공개하며
“10년간 동일 기준으로 합산배제를 인정받아 온 사업자에게 이제 와 소급 추징하는 것은 과잉행정”이라고 비판했습니다.
(출처: 스트레이트뉴스, 2026.02.25)
10년 유지해온 관행이 하루아침에 추징 사유가 됩니다.
2026.02.27 개정 — 바뀐 것과 안 바뀐 것
2026년 2월 27일 공포·시행된 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 개정의 핵심은
‘주택임대업 사업자등록’ → ‘사업자등록’으로 단어 하나가 바뀐 것입니다.
작아 보이지만 효과는 큽니다.
| 개정 전 | 개정 후 (2026.02.27 시행) |
|---|---|
|
소득세법 또는 법인세법에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자 |
소득세법 또는 법인세법에 따른 사업자등록을 한 자 |
(출처: 국가법령정보센터, 종합부동산세법 시행령 2026.02.27 시행본)
즉, 사업자등록증에 ‘주택임대업’이 아닌 ‘비주거용 부동산 임대업’, ‘부동산개발업’,
‘부동산투자자문업’ 등 어떤 업종코드가 적혀 있더라도,
적법하게 사업자등록이 되어 있고 실질적으로 주택을 임대하고 있다면
합산배제를 받을 수 있게 됩니다.
💡 단, 개정 후에도 바뀌지 않는 요건들이 있습니다.
임대의무기간(5년 또는 10년), 임대료 증액 5% 이내 제한, 공시가격 상한,
지자체 임대사업자등록 — 이 4가지는 여전히 그대로입니다.
업종코드 문제만 해소된 것이지, 나머지 요건은 한 항목도 완화되지 않았습니다.
적용 시기에도 주의가 필요합니다. 최초 개정안(2026.01.16 발표)은
“시행령 시행일 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용”이었는데,
최종 공포된 시행령은 “시행 이후 신고·결정·경정하는 분부터 적용”으로 확대됐습니다.
(출처: 김앤장 법률사무소 인사이트, 2026.03)
과거 납세분도 경정청구나 불복 절차를 통해 구제받을 여지가 생겼다는 뜻입니다.
이미 추징당한 세금, 되돌릴 수 있는 기간
시행령이 “신고·결정·경정하는 분부터 적용”된다는 것은 소급 범위가 생각보다 넓다는 말입니다.
이미 부과고지를 받은 임대사업자도 해당 기간 안에 불복을 제기하면 개정 시행령을 근거로 다툴 수 있습니다.
구제 절차 기준 (2026.02.27 시행령 기준)
- 자진신고·납부한 경우 → 법정신고기한 다음 날부터 5년 이내 경정청구 가능
- 부과고지를 받은 경우 → 고지서 수령일로부터 90일 이내 불복(이의신청·심판청구) 가능
(출처: 김앤장 법률사무소 인사이트, 2026.03 / 종합부동산세법 일반원칙)
2025년 12월 중순에 부과고지를 받은 사업자라면 90일 기준으로
2026년 3월 중순이 불복 마감입니다. 현재 시점(2026.03.31)에서 이미 이 기한은 지났을 가능성이 높으므로,
2025년 종부세분에 대해서는 지금 당장 세무사를 통해 기한이 남아 있는지 개별 확인이 필요합니다.
반면 자진신고·납부한 임대사업자라면 5년 안에 경정청구가 가능하므로 시간적 여유가 있습니다.
업종코드가 주택임대업이 아니어서 합산배제를 스스로 포기하고 납부한 경우라면 해당됩니다.
합산배제 임대주택 요건 — 유형별 핵심 수치
종부세 합산배제를 받기 위한 임대주택 요건은 유형별로 다릅니다.
가장 많이 해당하는 민간 매입형과 민간 건설형 기준을 직접 확인했습니다.
(출처: 국세청 합산배제 임대주택 안내 페이지, 2026.02.27 시행령 기준)
| 유형 | 공시가격 상한 | 의무임대 | 주택 수 | 임대료 증액 |
|---|---|---|---|---|
| 구 민간건설 (‘18.3.31 이전) |
9억 이하 (30호↑: 12억) |
5년↑ | 시도별 2호↑ | 5% 이하 |
| 구 민간매입 (‘18.3.31 이전) |
6억 이하 (30호↑: 9억) |
5년↑ | 전국 1호↑ | 5% 이하 |
| 장기일반·공공지원 (건설형) |
9억 이하 (30호↑: 12억) |
10년↑ | 시도별 2호↑ | 5% 이하 |
| 장기일반·공공지원 (매입형) |
6억 이하 (30호↑: 9억) |
10년↑ | 전국 1호↑ | 5% 이하 |
| 단기민간임대 (‘25.6.4 이후 등록) |
매입: 4억 건설: 6억 |
6년↑ | 규정별 상이 | 5% 이하 |
(출처: 국세청 합산배제 임대주택 안내 페이지, 종합부동산세법 시행령 제3조 2026.02.27 시행본)
공시가격 기준은 임대 개시일 또는 최초 합산배제 신고 연도의 과세기준일(6월 1일) 시점입니다.
지금 시세가 올라 있어도 당시 공시가격이 기준이 됩니다.
이 점을 모르고 “공시가격이 높아졌으니 이미 요건이 안 된다”고 포기하는 사례가 있어서 짚어둡니다.
신고는 9월에 한 번, 그런데 말소 시 반드시 해야 할 것
합산배제 신고 기간은 매년 9월 16일~9월 30일입니다.
처음 신고하면 이후에는 임대주택의 소유권이나 전용면적 변동이 없는 한
별도 신고 없이 계속 적용됩니다. 한 번 신청해두면 매년 자동으로 인정되는 셈입니다.
(출처: 국세청 합산배제 임대주택 안내, 2026.02.27 시행령 기준)
💡 공식 발표문과 실제 운영 흐름을 나란히 놓고 보니 이런 차이가 보였습니다.
“자동 적용”이라는 부분만 기억하다 보면, 등록 말소 후 제외 신고를 빠뜨리는 경우가 생깁니다.
임대주택 등록이 자진 말소되거나 직권 말소된 경우에는
해당 주택을 합산배제 대상에서 제외하는 신고를 직접 해야 합니다.
이걸 누락하면 합산배제 요건이 충족되지 않는데도 혜택이 유지된 것으로 보여
나중에 감면받은 종부세액 전부와 이자상당가산액까지 추징당할 수 있습니다.
“말소 신고를 해야 한다”는 의무는 세무서에서 별도로 안내하지 않습니다.
2020년 임대사업자 자진·직권 말소가 대규모로 진행됐을 때 이 신고를 빠뜨려
추후 추징을 받은 사례가 실제로 있습니다. 지금 합산배제 혜택을 받고 있는 주택의
임대등록 유지 여부를 반드시 확인해야 합니다.
합산배제 받다가 추징당하는 3가지 패턴
합산배제를 무사히 받다가 결국 추징당하는 사례 유형은 크게 세 가지로 나뉩니다.
이 중 하나라도 해당하면 감면받은 종합부동산세액과 이자상당가산액이 함께 부과됩니다.
(출처: 국세청 합산배제 사후관리 안내, casenote 조세심판 사례)
의무임대기간 미충족 상태에서 매도
10년 임대 요건을 채우기 전에 주택을 양도하면 합산배제를 적용받아왔던 기간 전체의 종부세가 추징됩니다.
5년짜리 요건인지 10년짜리 요건인지, 자신의 등록 유형부터 확인해야 합니다.
조기 매도가 불가피할 경우 사전에 세무사와 추징 규모를 시뮬레이션해야 합니다.
임대료 증액을 5% 초과했을 때
재계약 시 임대료를 5%를 넘겨 올리면 그 해 과세기준일(6.1.) 기준으로 요건 미충족으로 판단됩니다.
임대보증금과 월세를 전환하는 경우에도 민간임대주택법 제44조 전환 기준을 따라야 하며,
그 기준을 벗어나면 역시 5% 초과로 간주될 수 있습니다.
말소 후 제외 신고를 안 했을 때
임대등록이 말소됐는데 합산배제 제외 신고를 하지 않으면 다음 해 9월 신고 기간까지 혜택이 부당하게 유지됩니다.
이후 과세관청이 이를 발견하면 합산배제를 받은 전 기간에 대해 소급 추징이 들어옵니다.
2020년 임대사업자 대량 말소 이후 이 패턴의 추징이 꾸준히 발생하고 있습니다.
Q&A — 자주 나오는 질문 5가지
마치며 — 이번 개정이 중요한 진짜 이유
이번 시행령 개정은 단순히 업종코드 요건 하나를 완화한 것이 아닙니다.
“법 문언 그대로 집행한다”는 명목으로 10년간 유지해 온 관행을 하루아침에 뒤집으려 했던
국세청의 시도를 입법으로 차단한 사례입니다.
실질적 임대 요건을 모두 갖추고 있어도 형식적 코드 하나가 어긋나면 1조 원 규모의 세금이 부과될 수 있다는
현실이 드러난 것입니다. 그리고 이런 상황은 앞으로도 세법 해석 변경이나 행정 방침 전환 과정에서
얼마든지 반복될 수 있습니다.
합산배제를 받고 있는 임대사업자라면 지금 당장 두 가지를 확인하는 것을 권합니다.
첫째, 임대등록이 현재도 유효한지. 둘째, 만약 말소됐다면 제외 신고를 했는지.
이 두 가지만 챙겨도 예기치 않은 추징을 상당 부분 막을 수 있습니다.
솔직히 말하면, 이 개정 내용을 아는 임대사업자가 아직 많지 않습니다.
경정청구 기한이 살아있는 경우라면 당장 움직이는 것이 맞습니다.
본 포스팅 참고 자료
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세법은 개인 상황에 따라 적용 결과가 달라지므로 실제 신고 또는 불복 절차 전에
반드시 세무사 또는 공인회계사의 개별 상담을 받으시기 바랍니다.
본 포스팅의 수치 및 내용은 2026년 2월 27일 시행 종합부동산세법 시행령 기준으로 작성되었습니다.
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