종합부동산세 합산배제, 써봤더니 업종코드가 문제였습니다
임대사업자라면 합산배제 당연히 된다고 생각했습니다. 그런데 2025년 10월, 국세청은 업종코드가 ‘주택임대업’이 아닌 임대사업자 수천 곳을 상대로 수년치 종부세를 일괄 추징했습니다. 이게 현실이었고, 그 후속으로 나온 게 2026년 2월 27일 시행령 개정입니다.
경정청구 마감 주의
신고기간 9월16일~30일
합산배제가 뭔지, 한 문장으로
종합부동산세는 보유 주택 전체를 합산해 과세합니다. 공시가격 합계가 6억 원(1세대 1주택자는 12억 원)을 넘으면 초과분에 세율을 곱해 세금이 나옵니다. 합산배제는 요건을 갖춘 특정 주택을 이 합산 계산에서 빼주는 제도입니다. 요건을 충족한 임대주택은 없는 것처럼 처리되어 종부세가 0원이 됩니다.
예를 들어 공시가격 5억 원짜리 자가 주택 1채와 공시가격 4억 원짜리 등록임대주택 1채를 보유했다고 가정합니다. 합산배제 없이 계산하면 과세기준 6억 원을 초과해 종부세가 부과됩니다. 그런데 임대주택 4억 원이 합산배제 되면 과세 대상 총액이 5억 원으로 줄어 비과세 구간에 들어옵니다. 이 차이가 수십만~수백만 원입니다.
신고기간은 매년 9월 16일부터 9월 30일까지입니다. 최초 신고 이후에는 소유권·전용면적에 변동이 없으면 별도 신고 없이 자동 연속 적용됩니다. (출처: 국세청 홈페이지 합산배제 임대주택 안내, nts.go.kr)
2025년 10월, 국세청이 꺼낸 카드
여기서부터가 핵심입니다. 2025년 10월, 국세청은 ‘주택임대업’ 업종코드로 사업자등록이 되어 있지 않은 임대사업자들을 상대로 대규모 종부세 추징을 시도했습니다. (출처: 법무법인 김앤장, 2026.03.25 발행 인사이트, kimchang.com)
💡 공식 발표문과 실제 추징 사례를 같이 놓고 보니 이런 차이가 보였습니다.
많은 임대사업자가 세무서에 부동산임대업(업종코드 701201) 또는 부동산개발업으로 등록한 상태에서 주택을 임대해 왔습니다. 국세청은 내부 업종코드에 ‘주택임대업’ 문자열이 없다는 이유만으로 합산배제 요건 미충족으로 판정했습니다. 문제는 이 업종코드가 사업자등록증 겉면에도 나타나지 않는 내부 관리 코드라는 점입니다. 납세자 입장에서 자기 코드가 맞는지 확인할 방법 자체가 없었습니다.
조세심판원 2026서0195 결정(2026.03.11.)은 이 문제를 정면으로 다룬 실제 사례입니다. 한 재단법인이 오피스텔을 주택으로 임대하면서 합산배제 신고를 해 왔는데, 국세청은 사업자등록 업종코드가 ‘비주거용 부동산임대업(701201)’이라는 이유로 2022~2024년 귀속 종합부동산세를 일괄 경정·고지했습니다. 3년치 세금이 한꺼번에 날아온 것입니다. (출처: 케이스노트 조세심판원 조심2026서0195, casenote.kr)
조세심판원은 이 과세를 취소했습니다. 한국표준산업분류상 부동산임대업은 주거용 건물 임대업을 하위 분류로 포함하고 있어, 업종코드 불일치가 합산배제 요건 미충족의 근거가 될 수 없다는 논리였습니다. 심리 중에 마침 시행령 개정까지 이루어져 판단에 그대로 반영됐습니다.
2026년 2월 27일, 시행령이 바뀐 내용
2026년 2월 27일, 대통령령 제36132호로 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항이 개정·시행됐습니다. 변경 내용은 단순하지만 파급력이 큽니다.
| 개정 전 | 개정 후 (2026.02.27~) |
|---|---|
| 소득세법·법인세법에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자 | 소득세법·법인세법에 따른 사업자등록을 한 자 (업종코드 무관) |
‘주택임대업’이라는 단어 하나가 빠졌습니다. 이제 어떤 업종코드로 사업자등록이 되어 있어도, 적법하게 등록되어 있고 실질적으로 주택을 임대하고 있다면 합산배제를 받을 수 있습니다.
💡 최초 입법예고안과 최종 시행령 사이에 결정적인 차이가 있습니다.
재정경제부가 2026년 1월 16일 처음 공개한 개정안에는 “시행령 시행일 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용”이라고 되어 있었습니다. 그런데 2월 27일 최종 시행된 시행령에서 이 문구가 “시행일 이후 신고, 결정, 경정하는 분부터 적용”으로 바뀌었습니다. 앞으로 낼 세금에만 적용되는 게 아니라, 이미 냈거나 추징당한 세금에도 소급해서 돌려받을 길이 열린 것입니다.
이미 추징당했다면 — 경정청구·불복 기한
이미 추징을 당했거나 고지서를 받은 경우, 개정 시행령을 근거로 돌려받을 수 있는 두 가지 경로가 있습니다.
① 자진 신고 납부한 경우 — 경정청구
스스로 종부세를 신고·납부했다면 경정청구로 환급을 요청할 수 있습니다. 경정청구 기한은 신고 또는 납부 기한으로부터 5년입니다. 2021년 귀속 종부세까지 커버됩니다. 홈택스(hometax.go.kr) 접속 후 신고/납부 → 종합부동산세 → 경정청구 메뉴에서 진행합니다.
② 부과고지를 받은 경우 — 불복
국세청이 직권으로 세금을 고지한 경우라면 불복(이의신청 또는 심판청구) 절차가 적용됩니다. 부과고지일로부터 90일이 기한입니다. 앞서 조세심판원 2026서0195 사례에서 2025년 12월 중순에 고지서를 받은 사업자라면 2026년 3월 중순까지 청구가 가능했습니다. 법무법인 김앤장 분석에도 이 기한이 동일하게 명시되어 있습니다. (출처: 법무법인 김앤장 인사이트, kimchang.com)
⚠️ 주의
2025년 10월경 고지서를 받은 사업자라면 불복 기한이 이미 2026년 1월 전후로 지났을 가능성이 높습니다. 고지서 수령일을 반드시 먼저 확인하고, 기한이 남아 있는지 세무사와 즉시 점검해야 합니다.
합산배제 요건표 — 유형별 한눈에
업종코드 문제가 해결됐다고 해서 합산배제가 자동으로 되는 건 아닙니다. 주택 유형마다 공시가격·임대기간·임대료 상한 요건이 다릅니다. 아래 표는 국세청 공식 안내 기준으로 정리한 주요 유형입니다. (출처: 국세청 합산배제 임대주택 안내, nts.go.kr)
| 유형 | 공시가격 | 임대기간 | 임대료 상한 | 최소 주택수 |
|---|---|---|---|---|
| 공공·구민간건설(‘18.3.31이전) | 9억 원 이하 | 5년 이상 | 5% 이하 | 시도별 2호 이상 |
| 공공·구민간매입(‘18.3.31이전) | 6억 원 이하 (수도권 밖 3억 원) |
5년 이상 | 5% 이하 | 전국 1호 이상 |
| 장기일반·공공지원(민간건설) | 9억 원 이하 | 10년 이상 | 5% 이하 | 시도별 2호 이상 |
| 장기일반·공공지원(민간매입) | 6억 원 이하 (수도권 밖 3억 원) |
10년 이상 | 5% 이하 | 전국 1호 이상 |
| 단기민간건설(‘25.6.4이후 등록) | 6억 원 이하 | 6년 이상 | 5% 이하 | 시도별 2호 이상 |
| 단기민간매입(‘25.6.4이후 등록) | 4억 원 이하 (수도권 밖 2억 원) |
6년 이상 | 5% 이하 | 전국 1호 이상 |
※ 2025년 6월 4일 이후 새로 등록한 단기민간임대주택이 합산배제 대상에 포함된 것도 이번 개편의 일부입니다. 기존에는 단기임대는 아예 제외됐습니다.
사후요건 위반 시 추징 구조 — 아직 끝나지 않은 이유
업종코드 문제는 시행령 개정으로 정리됐습니다. 그런데 합산배제를 받은 뒤에도 요건을 위반하면 그동안 깎아준 세금을 전부 토해내야 합니다. 이 사후 추징 구조는 그대로 유지됩니다.
임대료 5% 상한 — 연 단위가 아닙니다
임대료 상한 5%는 직전 임대료 대비 5%를 넘지 못하는 규정입니다. 막상 따져보면 “1년 이내에는 재증액 금지”라는 추가 조건이 함께 붙어 있습니다. 2년 단위로 계약을 갱신하면서 묵시적으로 증액된 경우에도 이 기준이 적용됩니다. 임대료를 한 번이라도 5%를 초과해 올리면 해당 연도와 그 다음 연도, 총 2년간 합산배제 적용이 정지됩니다. (출처: 세금신문 종부세 합산배제·과세특례 Q&A, 2025.09.15)
의무임대기간 전 매각 — 남은 주택도 함께 추징됩니다
매입임대주택 여러 채를 보유한 상태에서 의무임대기간 충족 전에 한 채를 팔면, 판 주택에만 추징이 적용되는 게 아닙니다. 남은 주택까지 전체 주택 수 요건을 다시 계산해서 요건을 못 맞추면 나머지 주택에도 추징이 떨어집니다. 매각 전에 전체 포트폴리오 단위로 시뮬레이션이 필요합니다. (출처: 알법 합산배제 임대주택 매각 시 추징요건 해석, albup.co.kr)
💡 공시가격과 등록 시점을 같이 놓고 보면 이런 맹점이 드러납니다.
합산배제 요건의 공시가격 기준은 임대 개시일 또는 최초 합산배제 신고 연도의 과세기준일 현재 가격으로 판단합니다. 등록 당시 공시가격 5억 원이었던 주택이 현재 10억 원이 됐어도, 등록 당시 기준으로 요건을 충족했다면 합산배제가 계속 유지됩니다. 반대로 등록 당시부터 이미 기준을 초과한 주택은 이후 가격이 내려가도 소급 인정이 되지 않습니다. 등록 시점이 요건 판단의 기준점입니다.
Q&A 5가지
Q1. 사업자등록증에 ‘부동산/임대’로 나오는데, 합산배제 신청 가능한가요?
2026년 2월 27일 개정 시행령 기준으로, 소득세법 또는 법인세법에 따라 적법하게 사업자등록이 되어 있기만 하면 업종코드 무관하게 가능합니다. 다만 공시가격·임대기간 등 개별 유형 요건은 별도로 충족해야 합니다.
Q2. 2025년분 종부세를 이미 납부했는데 환급받을 수 있나요?
자진 신고·납부한 경우라면 경정청구로 환급이 가능합니다. 2025년 12월 납부 기준으로 경정청구 기한은 5년이므로 여유가 있습니다. 부과고지를 받은 경우라면 고지일로부터 90일 이내에 불복해야 하니, 고지서 날짜를 먼저 확인해야 합니다.
Q3. 합산배제 신고를 처음 해야 하는데 기간이 언제인가요?
매년 9월 16일부터 9월 30일까지입니다. 국세청 홈택스에서 온라인 신고가 가능하며, 최초 신고 이후 소유권·면적 변동이 없으면 다음 해부터 자동 유지됩니다. 다만 요건 변동이 생기면 반드시 변동신고를 해야 합니다.
Q4. REITs(부동산투자회사)도 이번 개정의 혜택을 받을 수 있나요?
이번 개정의 직접적인 계기가 REITs 사례였습니다. 적법하게 사업자등록이 되어 있고 실질적으로 주택임대를 하고 있다면, 법인 형태의 REITs도 해당 요건을 충족할 경우 합산배제 혜택을 받을 수 있습니다.
Q5. 단기임대(6년)로 등록한 주택도 이제 합산배제가 되나요?
2025년 6월 4일 이후 등록한 단기민간임대주택이라면 가능합니다. 건설임대는 공시가격 6억 원 이하·시도별 2호 이상·6년 이상 임대, 매입임대는 공시가격 4억 원 이하(수도권 밖 2억 원)·전국 1호 이상·6년 이상 임대 요건을 충족해야 합니다. 그 이전에 등록한 단기임대는 해당 없습니다.
마치며
솔직히 말하면, 이번 개정은 납세자가 잘못한 게 아니라 제도의 허점을 뒤늦게 메운 케이스입니다. 업종코드가 사업자등록증에도 공시되지 않고, 수년간 아무 문제 없이 적용해 온 합산배제가 갑자기 뒤집혔다는 건 납세자 입장에서 받아들이기 어려운 상황이었습니다. 그 점에서 시행령 개정의 적용 범위가 “향후 납세의무 성립분”이 아닌 “향후 신고·결정·경정분”으로 확대된 건 의미가 있습니다.
다만 이걸로 모든 게 끝난 건 아닙니다. 사후요건(임대료 5% 상한, 의무임대기간, 주택 수 유지)은 여전히 엄격하게 적용됩니다. 합산배제를 받고 있다면 임대료 갱신 시점마다, 그리고 매각을 검토할 때마다 전체 포트폴리오 단위로 점검하는 습관이 필요합니다.
2026년 종부세 합산배제 신고 기간은 9월 16일~30일입니다. 이 기간이 다가오기 전에 사업자등록 내역과 요건 충족 여부를 한 번 확인해 두는 게 낫습니다.
본 포스팅 참고 자료
- 국세청 — 합산배제 임대주택 안내 (nts.go.kr)
- 국세청 — 사원용주택등 합산배제 안내 (nts.go.kr)
- 법무법인 김앤장 — 임대주택 합산배제 요건 완화를 위한 종합부동산세법 관련 법령 개정 분석 (2026.03.25) (kimchang.com)
- 조세심판원 — 조심2026서0195 결정 (2026.03.11.) (casenote.kr)
- 법제처 — 종합부동산세법 시행령 일부개정령안 입법예고 (재정경제부공고 제2026-21호) (moleg.go.kr)
※ 본 포스팅은 2026년 2월 27일 시행된 종합부동산세법 시행령(대통령령 제36132호) 기준으로 작성되었습니다. 본 포스팅 작성 이후 세법·시행령·국세청 행정해석이 변경될 수 있습니다. 개별 사안에 대한 세무 판단은 세무사 또는 세무 전문가와 별도로 확인하시기 바랍니다.
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