자사주 소각 의무화, 비상장법인 세금이 달라지는 조건

2026년 3월 6일, 상법이 바뀌었습니다. 자사주(자기주식)를 취득하면 1년 안에 반드시 소각해야 하는 의무가 생겼는데, 비상장법인 대주주라면 세금 구조가 예상과 다르게 흘러갈 수 있습니다. 양도소득세로 끝났다고 생각했던 기존 보유 자기주식이 의제배당으로 다시 과세될 수 있다는 쟁점이 현재 세무 업계 핫이슈입니다.

비상장법인도 예외 없이 의무 적용됩니다

2026년 3월 6일 공포·시행된 개정 상법(법률 제20991호)은 자기주식을 취득한 날로부터 1년 안에 소각할 것을 모든 회사에 의무화했습니다. 여기서 핵심은 ‘모든 회사’라는 표현입니다. 상장법인, 비상장법인 구분 없이 동일하게 적용되는데, 많은 비상장 중소기업 대표들이 이 부분을 모르고 있습니다.

법 시행 전 이미 취득해 보유 중이던 자기주식에는 유예기간이 주어집니다. 시행일(2026.03.06)로부터 6개월이 경과한 날을 기산점으로, 그로부터 다시 1년 이내에 소각해야 합니다. 쉽게 말해 기존 보유 자기주식은 2027년 9월 6일 전까지 소각하거나, 정해진 예외 사유에 해당하는 경우 주주총회 승인을 받아 계속 보유할 수 있습니다.

비상장법인이 자기주식을 계속 보유하고 싶다면 스톡옵션 부여, 우리사주제도, 전략적 M&A 대가, 정관에 명시된 경영상 목적 등 법에서 정한 5가지 사유 중 하나에 해당해야 하고, 매년 주주총회 승인을 받아야 합니다. ‘그냥 갖고 있겠다’는 건 더 이상 허용되지 않습니다.

세금 구조가 이렇게 바뀝니다 — 양도세 vs 의제배당

지금까지 비상장법인의 자기주식 거래는 취득 목적에 따라 세금이 달랐습니다. 보유·재발행 목적으로 취득한 자기주식을 주주로부터 매입하면 양도소득세, 소각 목적으로 취득하면 의제배당으로 과세하는 이원화 구조였습니다. 개정 상법 시행 이후에는 이 이원화 구조가 허물어집니다.

수치로 보면 차이가 체감됩니다. 비상장법인 대주주가 자기주식 매각으로 3억 원 차익을 얻는다고 가정하면, 개정 전 양도소득세 방식으로는 약 8,250만 원(27.5%)을 냈습니다. 이제 동일한 거래가 의제배당으로 재구성되면 이미 있는 급여 소득에 합산되어 최고세율 49.5%까지 올라갈 수 있고, 건강보험료 부과까지 더해집니다. 같은 3억 원에서 세금이 최대 1억 4,850만 원으로 뛰는 것입니다.

이 구조 변화의 핵심 논리는 ‘자기주식 취득 = 자본 환급’이라는 개정 법의 시각입니다. 회사가 주주에게 자금을 되돌려주는 것이니 배당과 같은 성격으로 과세하겠다는 것입니다. 일본·미국 등 선진국에서 이미 채택하고 있는 방식과 같아지는 셈입니다.

기존 보유 자기주식, 소각하면 세금이 다시 나올 수 있습니다

많은 분들이 놓치는 부분이 여기입니다. 법 시행 전에 이미 보유 목적으로 자기주식을 취득하고 양도소득세를 이미 납부한 비상장법인이 있습니다. 세금 납부까지 완료했으니 더 이상 신경 쓸 필요가 없다고 생각하는 경우가 많습니다. 그런데 이번 상법 개정으로 강제 소각 절차를 밟게 되면 이야기가 달라집니다.

대법원 2019.6.27 선고 2016두49525 판결에 따르면, 자기주식을 취득할 때 보유 목적을 내세워 양도소득세를 낸 뒤 나중에 소각하면, 세무당국이 그 취득을 소각 목적 거래로 재구성해 의제배당으로 사후 과세할 수 있다는 선례가 있습니다. 이번 개정으로 어떻게 됐을까요.

세무 당국의 공식 입장은 아직 공개되지 않았습니다. 기존에 양도소득세를 낸 비상장법인이 지금 당장 소각 절차를 밟으면 이중 과세 위험에 노출됩니다. 소각 기한(2027년 9월)까지 아직 시간이 있는 만큼, 유권해석 결과를 확인한 뒤 움직이는 게 안전합니다.

제척기간이 지났어도 안전하지 않은 이유

일부 비상장법인에서 “자기주식을 취득한 지 5년이 넘었으니 제척기간이 지나 세금을 더 낼 일이 없다”고 계산하는 경우가 있습니다. 세법상 국세 부과 제척기간은 통상 5년(부정행위 시 10~15년)이기 때문입니다. 이 논리가 이번에는 그대로 통하지 않을 수 있습니다.

쉽게 풀어 쓰면 이렇습니다. 과거에 보유 목적으로 자기주식을 취득했고 양도소득세 제척기간(5년)이 지났다면, 그 취득 사건에 대해 세금을 다시 추징하기는 어렵습니다. 그런데 지금 소각이라는 행위를 하면, 이를 새로운 사건으로 보아 제척기간이 소각 시점부터 새롭게 기산될 수 있다는 것이 쟁점입니다.

택스넷 전문 분석에 따르면, 이 경우 1) 소급과세 금지 원칙과의 충돌, 2) 동일 경제적 이익에 대한 이중과세, 3) 납세자 법적 안정성 저해라는 세 가지 법적 쟁점이 동시에 발생합니다. 아직 이를 명확히 정리한 법적 기준이 없습니다.
(출처: 택스넷, 「자사주 의무소각 제도의 도입과 조세에 미치는 영향」, 2026.04.17)

결국 현시점에서는 제척기간이 지난 자기주식도 서류 정비, 취득 목적 명확화, 보유 처분 계획 작성 등의 선제적 조치 없이 무조건 안전하다고 볼 수 없습니다. 세무사와 상의해 취득 당시 서류를 지금 점검해 두는 게 필요합니다.

주식가치 평가 방식도 달라집니다

세금 계산에 직접 영향을 주지는 않지만, 상속·증여세나 가업승계 세제 적용에서 중요한 주식가치 평가 방식도 변화가 예상됩니다. 이 부분은 기존 블로그에서 잘 다루지 않는 내용입니다.

종전에는 비상장법인이 자기주식을 보유하면 이를 자산으로 분류해 순자산가치 산정 시 포함시켰습니다(서일 46014-10198 예규). 이 때 자기주식을 총 발행주식 수에도 포함시켜 1주당 가치를 계산했습니다.

이 세 가지 모두 아직 공식 유권해석이 나오지 않은 상태입니다. GMG 세무회계 기고(택스타임즈, 2026.02.26)는 “관련 세법 과세기준이 명확히 정리되지 않은 채 시행되는 점이 우려스럽다”고 직접 밝혔습니다. 상속·증여 계획이 있는 비상장법인이라면 이 영역이 정리될 때까지 중요한 결정을 미루거나 세무전문가와 충분히 상의해야 합니다.

지금 당장 점검해야 할 3가지

유예기간이 2027년 9월까지 있다 보니 아직 시간이 있다고 생각하기 쉽습니다. 그러나 2026년 정기 주주총회에서 보유 처분 계획 승인을 받지 못하면 소각 의무가 즉시 살아납니다. 지금 움직여야 할 포인트 세 가지를 정리합니다.

솔직히 말하면, 현재 세무 업계에서도 이 쟁점에 대한 유권해석을 기다리는 상황입니다. 국세청이 공식 입장을 내기 전에 서둘러 소각을 진행하면 오히려 불필요한 세금 리스크를 자초할 수 있습니다. 기존 보유 자기주식은 기한(2027년 9월) 내 결론이 나면 그에 맞춰 대응하는 게 현실적입니다.

Q&A

마치며

이번 상법 개정의 취지는 자사주 마법 방지와 주주가치 제고입니다. 상장사 중심으로 설계된 규제가 비상장 중소기업까지 적용되면서 세무적으로 미처 대비하지 못한 부분이 생겼습니다.

핵심만 정리하면 이렇습니다. 앞으로 취득하는 자기주식은 의제배당 과세가 원칙입니다. 기존 보유 자기주식은 2027년 9월까지 소각 또는 예외 보유 결정을 해야 하는데, 소각 시 이중과세 가능성에 대한 유권해석이 아직 없습니다. 제척기간이 지났다고 안심하기도 이릅니다. 주식가치 평가 방식 변화도 상속·증여 계획에 영향을 줍니다.

막상 해보면 다릅니다. 서류 한 장 차이로 세금이 수천만 원 달라지는 영역입니다. 지금 가장 현명한 선택은 취득 서류 점검과 세무전문가 상담을 서두르는 것입니다. 유예기간이 있다고 해서 안심하고 있다가는 2027년 9월에 허둥지둥하게 됩니다.

📚 본 포스팅 참고 자료

1. PwC Korea, 「3차 상법 개정안 주요 내용과 이사회의 대응」, 2026.03 — 원문 보기
2. GMG 세무회계 도혜연, 「자사주 의무 소각 상법 개정 비상장법인의 세무상 체크리스트」, 택스타임즈, 2026.02.26 — 원문 보기
3. 택스넷, 「자사주 의무소각 제도의 도입과 조세에 미치는 영향」, 2026.04.17 — 원문 보기
4. 법무부, 「자기주식 소각 의무화 관련 개정 상법 길라잡이」, 2026.03.11
5. 대법원 2019.6.27 선고 2016두49525 판결 (의제배당 재구성 선례)